A tudományos akadémia felmérése szerint ugyanis jelentősen csökkent a tóban az őshonos halfajok száma. A halállomány védelme és a nyugodtabb szaporodás érdekében, fajtiszta halakat telepítenek a tóba. A nádasokat és a partszakaszokat is megerősítik, ezzel is védik a természetes szaporodóhelyeket.
Horgászati és csónakázási korlátozásokat vezetnek be a Balaton halállományának védelme érdekében.